Un nouveau décret et son arrêté d’application viennent formaliser le droit à l’indemnisation des congés annuels non pris pour raisons de santé ou assimilées, en cas de cessation définitive de fonctions. Cette mesure, attendue de longue date, aligne enfin la situation des agents publics sur les exigences du droit européen.
Un principe remis en cause par le droit européen
Jusqu’à récemment, les agents publics ne pouvaient prétendre à aucune compensation financière pour leurs congés annuels non utilisés. Le principe dominant était simple : les congés sont faits pour être pris, non pour être indemnisés. Toutefois, la jurisprudence européenne a progressivement infléchi cette position, ouvrant la voie à une reconnaissance plus large des droits des agents.
La directive européenne 2003/88/CE (lien) consacre le droit de chaque travailleur à un congé annuel payé d’au moins quatre semaines. Si un agent est dans l’impossibilité de prendre ses congés pour des raisons indépendantes de sa volonté — comme une maladie — ou si la relation de travail prend fin, il peut désormais bénéficier d’une indemnité compensatrice. Ce droit résulte de plusieurs décisions de la Cour de justice de l’Union européenne, désormais intégrées au droit français.
Indemnisation : quelles conditions ?
Ce nouveau droit reste strictement encadré. L’indemnisation ne s’applique que dans deux cas précis :
- lorsque les congés n’ont pas pu être pris en raison d’un empêchement réel (raison de santé, responsabilités parentales ou familiales, etc)
- et uniquement si la cessation des fonctions est définitive
La compensation ne concerne que les congés accumulés dans la limite de 15 mois, et dans la limite de 20 jours ouvrés par an, correspondant au minimum garanti par la directive européenne.
L’arrêté du 21 juin 2025 prévoit les modalités de calcul avec la formule de calcul suivante :
Indemnisation d’un jour de congé non pris = (rémunération mensuelle brute x 12)/250
La rémunération mensuelle brute ici prise en compte correspond à la dernière rémunération versée au titre de l’exercice effectif des fonctions sur un mois complet. Il doit être tenu compte des éventuelles évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l’agent intervenues entre la dernière date d’exercice effectif des fonctions et la date de fin de travail.
Cela intègre l’ensemble des éléments constitutifs de la rémunération de l’agent SAUF les éléments suivants :
- Les primes ou versements occasionnels ou exceptionnels, notamment liés à la manière de servir (ex : CIA),
- Tous les versements au titre de remboursement de frais,
- Les participations employeur au titre de la protection sociale complémentaire,
- Les versements exceptionnels liés aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations ou toute autre indemnité de même nature,
- Les indemnités au titre d’une activité accessoire et toute autre indemnité non directement liées à l’emploi,
- Les primes et indemnités liées à un fait générateur unique,
- Toute indemnité liée au dépassement du cycle de travail (ex : indemnisation pour les heures supplémentaires) SAUF celles mentionnées au décret du 6 octobre 1950 qui sont annualisées.